1 Instrumentación y control en energías: Desarrollar sistemas electrónicos que permitan aprovechar las fuentes de energías renovables y limpias (biocombustibles, hidráulica, geotérmica, biomasa, eólica, fotovoltaica entre otros) cuidando el medio ambiente y desarrollando proyectos como: Sistemas de control y diagnóstico de la operación para aerogeneradores, vehículos electrícos, regulación de potencia, robustez y desempeño, optimización para el aprovechamiento de máxima potencia, automatización de estaciones hidrometeorológicas, caracterización del aprovechamiento de la energía solar, optimización del proceso de la obtención del biodiesel y sistemas de medición de los diferentes parámetros que conlleva el aprovechamiento de las energías renovables y limpias.

2 Sistemas Mecatrónicos: Esta línea tiene como objetivo la integración sinérgica de la ingeniería mecánica, electrónica, del control automático y la computación para el desarrollo de proyectos de investigación que comprenden la modelación, análisis, simulación, control, y automatización en las áreas de sistemas subactuados, robótica, desarrollo de sistemas mecatrónicos para el aprovechamiento energías renovables y limpias, sistemas de seguridad industrial, entre otros.

3 Sistemas inteligentes en agroindustrias: Desarrollar nuevos modelos y aplicar los modelos existentes de la inteligencia artificial para su implementación como núcleo en aplicaciones computacionales y dispositivos electrónicos de propósito general que eficienten su funcionamiento a través de métodos formales que faciliten su mejora a través del tiempo, en particular sistemas de visión, sistemas de optimización de procesos agroindustriales, búsquedas semánticas, algoritmos de búsqueda, entre otros.